Penodir y Comisiynwyr gan Ei Mawrhydi y Frenhines ar sail cyngor Llywodraeth Cynulliad Cymru ac Ysgrifennydd Gwladol Cymru o dan Warant Frenhinol a adnewyddwyd ddiwethaf yn 2000. Hwy sydd â’r gorolwg gweithredol dros waith y Comisiwn Brenhinol. Gyda’i gilydd, mae gan yr un Comisiynydd ar ddeg (gan gynnwys eu cadeirydd) brofiad helaeth yn yr amrywiol feysydd a gaiff sylw staff y Comisiwn Brenhinol, ac fe gynigiant arweiniad a chymorth arbenigol i’r staff hynny. Ymhlith eu meysydd arbenigol fel unigolion mae archaeoleg, hanes, rheoli archifau, technoleg gwybodaeth, addysgu’r cyhoedd a gweinyddiaeth gyhoeddus. Rhoddant eu hysgolheictod a’u harbenigedd at wasanaeth staff y Comisiwn mewn pwyllgorau, yn anffurfiol, ac mewn tri chyfarfod llawn bob blwyddyn. Maent hefyd yn ddolen gyswllt bwysig â byd addysg, byd ysgolheictod a byd y llywodraeth, yn ogystal â’r cyhoedd yn gyffredinol.
Comisiynwyr:
Yr Athro Ralph A. Griffiths (Cadeirydd)
Doctor Llinor Smith (Is-Gadeirydd)
Mr J.N.O. Harries (Cadeirydd y Pwyllgor Cyhoeddiadau ac Estyn-Allan)