Sefydlwyd y Comisiwn Brenhinol drwy Warant Frenhinol ym 1908. Ei ddiben oedd llunio rhestri o adeiladau a henebion a nodi pa rai ohonynt a haeddai gael eu diogelu. Ar y cychwyn, fe ragwelwyd bod pen draw pendant i’r dasg honno, ond wrth i’r blynyddoedd fynd heibio mae’r Comisiwn Brenhinol wedi ymgymryd â rhagor o gyfrifoldebau ac mae Gwarantau Brenhinol diwygiedig wedi’u cyhoeddi.
Ym 1963 daeth y Cofnod Adeiladau Cenedlaethol yn rhan o’r Comisiwn Brenhinol, ac fe’i gelwir bellach yn Gofnod Henebion Cenedlaethol. Ym 1969 fe ymgymerodd y Comisiwn Brenhinol â’r cyfrifoldeb dros gofnodi adeiladau sydd dan fygythiad. Yn ystod y 1980au cynnar, fe ymgymerodd â’r cyfrifoldeb dros gynnal yr Arolwg Archaeolegol Cenedlaethol oddi wrth yr Arolwg Ordnans, ac ym 1992 fe ymgymerodd â’r cyfrifoldeb dros gofnodi achosion o longddrylliadau a gweddillion tanddwr yn y dyfroedd tiriogaethol ar hyd glannau Cymru. Yr un flwyddyn, fe drosglwyddwyd y cyfrifoldeb dros fonitro Henebion Cofrestredig a chofnodi archaeoleg Uwchdiroedd Cymru o Cadw i’r Comisiwn Brenhinol.
Ariannir Comisiwn Brenhinol Henebion Cymru gan Lywodraeth Cynulliad Cymru ac mae’n gorff gweithredol sy’n Gorff Cyhoeddus a Noddir gan y Cynulliad. Mae ganddo berthynas weithio agos â’r Cynulliad drwy Cadw, sef yr adran sy’n ei noddi.
Mae fersiwn electronig o’r Warant Frenhinol ddiweddaraf, sy’n disgrifio rôl a chyfrifoldebau Comisiwn Brenhinol Henebion Cymru, ar gael i’w lwytho i lawr, ar ffurf dogfen PDF, o’r tudalen hwn.